Al usar el
kitserver no se te borra nada de lo que has editado usando el
editor interno (valga la redundancia).
Lo que sí se te puede borrar es el archivo
EDIT.bin, pues muchas de las cosas que están en el
kitserver tienen su configuración en dicho archivo; además que lo que has editado tambien necesita de ese archivo.
Yo diría que debes instalar el parche nuevo de
forma independiente, es decir, distinto EXE, distinto kitserver y distinto folder para partidas guardadas.
En la sección de manuales hay un tutorial para crear elementos independientes y así poder instalar tu nuevo parche sin tocar nada del juego por defecto (en donde ya has editado cosas para no perderlas).