claro podes hacer esas cosas, pero al aplicar un parche sustituiriras todos esos archivos a menos que el parche que apliques no tenga esos archivos y no pasaria nada. un ej vos aplicas el bin que te pone el joystick de play y luego aplicas el PESedit.com 0.5 que no trae ese bin, en ese caso no pasaria nada se veria el joystick de play y el parche.
lo de la liga master pues, la partida no se perderia pero si se modificaria el nombre del equipo, camiseta y el escudo a menos que en ambos parches el tuyo y el que apliques el equipo sea el mismo.
un ej si vos tenes tu parche con la liga adelante y tenes tu LM con betis y aplicas el PESedit.com 0.5 que tiene la 2.bundesliga el equipo se sustituira con un equipo de la 2.bundesliga.
en el caso de los jugadores es practicamente lo mismo si el jugador esta en ambos parches no pasa nada como por ej. messi pero si digamos vos creaste a un jugador de betis como jugador editado y si aplicas el parche seguramente este jugador no apareceria en el juego, pero si en la LM porque es editado en el juego no aparecera, si no te lo compraste.
para finalizar si los cambios en ambos parche son diferentes en la liga master se te cambiaria el nombre del equipo,camiseta, escudo y el nombre de algun que otro jugador. no los stats porque una vez que se comienza la LM los stats que se modifican con los editores no le afectan.
espero que te sirva!